El FC Andorra és el club degà del futbol andorrà. Va ser fundat el 15 d’octubre de 1942. Com no existia una Federació Andorrana de Futbol en el moment de la seva fundació, el club decideix, amb el consentiment de la Reial Federació Espanyola de Futbol (RFEF) i de la de la Fédération Internationale de Football Association (FIFA), inscriure’s a la Federació Catalana i jugar les competicions com qualsevol altre equip espanyol. És l’únic equip andorrà que juga competicions de la RFEF.

El club ha jugat sempre amb els colors de la bandera d’Andorra. Durant els més de 70 anys d’història, la tricolor ha estat la samarreta oficial de l’equip en totes les temporades.

Des de la seva fundació fins l’any 1976, el club juga en categories regionals. Al 1977, gràcies a una gran temporada, el club promociona per primera vegada a Tercera Divisió. Després d’uns anys jugant en aquesta categoria, el FC Andorra assoleix l’ascens a Segona Divisió B a l’any 1980, aconseguint una fita històrica al principat.

Durant les dècades dels 80 i 90, el club viu una època d’èxits. Entre ells, 11 temporades consecutives a Segona B, amb un segon lloc que deixa a l’equip molt a prop de l’ascens a la segona màxima categoria espanyola. L’any 1994 l’entitat es proclama vencedora de la Copa Catalunya guanyant al FC Barcelona a semifinals i a l’Espanyol a la final.

L’any 2008, i després d’una crisis que deixa al club a un pas de la seva desaparició, el FC Andorra s’estabilitza a Primera Catalana, categoria en la que ha jugat aquests últims quatre anys, lluitant per l’ascens en alguna d’aquestes temporades.

Al desembre de 2018, l’Assemblea de socis del FC Andorra aprova la transformació en Societat Anònima amb Objecte Esportiu, segons la llei andorrana, en favor d’una societat del principat amb diversos inversors, entre els quals es troba el grup Kosmos. L’objectiu del grup inversor és portar al club el més lluny possible dins l’àmbit del futbol professional.