El FC Andorra es el club decano del fútbol andorrano. Fue fundado el 15 de octubre de 1942. Al no existir una Federación Andorrana de Fútbol en el momento de su fundación, el club decide, previo consentimiento de la Real Federación Española de Fútbol (RFEF) y de la Fédération Internationale de Football Association (FIFA), adscribirse a la Federación Catalana de Fútbol, y disputar competiciones oficiales como cualquier otro club español. Es el único club andorrano que juega competiciones bajo la tutela de la RFEF.

El club ha jugado siempre con los colores de la bandera de Andorra. Durante sus más de 70 años de historia, la tricolor ha sido la camiseta oficial del primer equipo en todas las temporadas.

Desde sus inicios hasta el año 1976, el FC Andorra compite en categorías regionales. En 1977, y gracias a una magnífica temporada, el club asciende por primera vez a Tercera División. Tras varios años compitiendo en dicha categoría, el club logra el ascenso a Segunda División B en el año 1980, logrando un hito histórico en el Principado.

Durante las décadas de los 80 y 90, el FC Andorra vive una época de éxitos. El club disfrutó de 11 temporadas consecutivas en Segunda B, que incluyeron un segundo puesto en dicha categoría, dejando al equipo a un solo paso del ascenso a la segunda máxima categoría española. En 1994, además, consiguió la Copa Catalunya derrotando al FC Barcelona en semifinales y al Espanyol en la final.

Tras superar en 2008 una crisis que deja al club al borde de la desaparición, el FC Andorra se asienta en Primera Catalana, categoría en la que ha competido estos últimos cuatro años, luchando por el ascenso a Tercera División en alguna de ellas.

En diciembre de 2018, la Asamblea de Socios del FC Andorra acordó su transformación en Sociedad Anónima con Objeto Deportivo, según la ley andorrana, en favor de una sociedad del principado con varios inversores, entre los que se encuentra el grupo Kosmos. El objetivo del grupo inversor es llevar al club lo más lejos posible en el fútbol profesional.