Un dels elements distintius del FC Andorra són els colors que vesteixen els seus jugadors. Els colors de la bandera d’Andorra fa més de 80 anys que conviuen units en les samarretes dels esportistes del FC Andorra i per això l'equip és també conegut com el conjunt tricolor. El blau, el groc i el vermell, són els colors que han estat presents, gairebé des del principi, en la indumentària de l’equip.