Uno de los elementos distintivos del FC Andorra son los colores que visten sus jugadores. Los colores de la banderra de Andorra hace más de 80 años que conviven unidos en las camisetas de los deportistas del FC Andorra y, por esto, el equipo también es conocido como el conjunto tricolor. El azul, el amarillo y el rojo son los colores que han estado presentes, casi desde el principio, en la indumentaria del equipo.